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OpenTME Dataset Pubblica Profili del Microambiente Tumorale Generati dall'IA da Istopatologia TCGA

ai-technology · 2026-04-15

OpenTME è un dataset open-access di recente pubblicazione che presenta profili pre-calcolati dei microambienti tumorali derivati da 3.634 immagini di interi vetrini colorati con ematossilina ed eosina (H&E). Queste immagini rappresentano cinque diversi tipi di cancro: vescicale, mammario, colorettale, epatico e polmonare, tutti ottenuti da The Cancer Genome Atlas (TCGA). Il dataset è stato sviluppato tramite Atlas H&E-TME, uno strumento basato sull'intelligenza artificiale che si fonda sulla serie Atlas di modelli fondazionali per la patologia. Questo strumento esegue controllo di qualità dei tessuti, segmentazione, rilevamento e classificazione cellulare, nonché analisi spaziale dei vicinati, producendo oltre 4.500 letture quantitative a livello cellulare per ogni vetrino. Considerando l'influenza significativa del microambiente tumorale sulla progressione del cancro, le risposte ai trattamenti e gli esiti dei pazienti, OpenTME è accessibile per la ricerca accademica non commerciale su Hugging Face e sarà ulteriormente ampliato.

Fatti principali

  • OpenTME è un dataset open-access di profili pre-calcolati del microambiente tumorale
  • Deriva da 3.634 immagini di interi vetrini colorati con H&E
  • Le immagini coprono cinque tipi di cancro: vescicale, mammario, colorettale, epatico e polmonare
  • Tutti i dati provengono da The Cancer Genome Atlas (TCGA)
  • Gli output sono stati generati utilizzando Atlas H&E-TME, un'applicazione basata sull'intelligenza artificiale
  • L'applicazione è costruita sulla famiglia Atlas di modelli fondazionali per la patologia
  • Esegue controllo di qualità dei tessuti, segmentazione, rilevamento e classificazione cellulare, e analisi spaziale
  • Ogni vetrino produce oltre 4.500 letture quantitative a risoluzione cellulare
  • Il microambiente tumorale è centrale per la progressione del cancro, la risposta al trattamento e gli esiti dei pazienti
  • OpenTME è disponibile per la ricerca accademica non commerciale su Hugging Face
  • Il dataset continuerà ad essere ampliato

Entità

Istituzioni

  • The Cancer Genome Atlas (TCGA)
  • Hugging Face

Fonti