CellxPert: Modello Fondamentale a Singola Cellula per Perturbazioni In-Silico
CellxPert rappresenta un versatile modello fondamentale multimodale che integra la multi-omica a singola cellula e spaziale in uno spazio di rappresentazione unificato. Codifica misurazioni dalla trascrittomica (scRNA-seq), accessibilità della cromatina (ATAC-seq) e proteomica di superficie (CITE-seq), incorporando anche dati MERFISH e citometria di massa per imaging come strati visivo-spaziali in 2D o 3D. Questo modello facilita quattro principali compiti downstream: annotare tipi cellulari attraverso 154 identità sovrapposte (il più grande spazio di etichette fino ad oggi), consentire un fine-tuning efficiente tramite Low Rank Adaptation (LoRA), prevedere risposte trascrittomiche a livello genomico a perturbazioni in-silico (ISP) e permettere un'integrazione senza soluzione di continuità di dati multi-omici attraverso vari saggi e piattaforme. Questa ricerca è disponibile su arXiv con ID 2605.00930.
Fatti principali
- CellxPert è un modello fondamentale multimodale per la multi-omica a singola cellula e spaziale.
- Codifica dati scRNA-seq, ATAC-seq, CITE-seq, MERFISH e citometria di massa per imaging.
- Supporta l'annotazione dei tipi cellulari attraverso 154 identità sovrapposte.
- Utilizza Low Rank Adaptation (LoRA) per un fine-tuning efficiente.
- Consente la previsione della risposta trascrittomica a livello genomico a perturbazioni in-silico.
- Facilita l'integrazione multi-omica attraverso vari saggi e piattaforme.
- Pubblicato su arXiv con ID 2605.00930.
- Affronta le limitazioni degli attuali modelli fondamentali a singola cellula.
Entità
Istituzioni
- arXiv