AIMS-Fold: Integrazione della Proteomica Strutturale con Modelli di Diffusione per la Conformazione dei Complessi Proteici
Il nuovo framework AIMS-Fold è stato lanciato per colmare il divario tra i modelli generativi di strutture proteiche e i dati della proteomica strutturale. Mentre molti modelli attuali predicono strutture statiche basate sulle sequenze, spesso trascurano gli stati conformazionali accurati dei complessi proteici, che sono cruciali per la progettazione di proteine, inclusi PROTAC e anticorpi. Tecniche come la spettrometria di massa con cross-linking (XL-MS) e lo scambio idrogeno-deuterio (HDX-MS) forniscono importanti informazioni spaziali e dinamiche, ma la sfida sta nell'integrare queste diverse misurazioni nei modelli generativi. AIMS-Fold impiega un metodo di diffusione guidata al momento dell'inferenza, orientando i campionamenti generativi con potenziali fisici derivati dai dati XL-MS e HDX-MS. I risultati sono disponibili in un preprint su arXiv (2605.26192).
Fatti principali
- AIMS-Fold è un framework di diffusione guidata al momento dell'inferenza.
- Integra dati XL-MS e HDX-MS nei modelli generativi di strutture proteiche.
- I modelli attuali non riescono a catturare gli stati conformazionali corretti dei complessi proteici.
- Il metodo utilizza potenziali fisici differenziabili da XL-MS e HDX-MS.
- Combina dati di proteomica strutturale con modelli di diffusione pre-addestrati.
- Il lavoro è rilevante per la progettazione di proteine e le modalità di prossimità indotta.
- Il preprint è disponibile su arXiv con ID 2605.26192.
- L'approccio affronta una sfida aperta nell'integrazione di misurazioni eterogenee.
Entità
Istituzioni
- arXiv